"Предлагаю абстрагироваться от "железа" на один уровень выше и управлять готовым принтером." - после таких предложений получаются забавные вещи, как на фотографии внутри:: https://cdn.jetpho …3/95612_1335569086.jpg
Множество лишнего функционала, но нет необходимого. Химикам нужна работа с базами данных, чтобы можно было представить набор пробирок в виде матрицы, где для каждого элемента указан объем или масса добавленных компонент. Ближайшая аналогия для станка - это смена инструмента. Как думаете, у термопринтера много разных инструментов?
Программа разгона и торможения ШД пишется за 1-2 дня при полном отсутствии исходников, а у Ксении они есть. Остальное даже обсуждать не интересно.
Ломать Ксения ничего не собирается, для этого достаточно перед модификацией:
1)либо сохранить все содержимое флеш с FUSE и LOCK BITS внешним программатором.
2)либо не трогать загрузчик (не перезаписывать память внешним программатором)
Скорее всего, можно использовать найденный ардуино совместимый исходник bootloader Atmega2560, чтобы работать одновременно с STK500/ISP программой от Atmel. Будет время, я проверю его на Amega64, самому интересно стало.
Ардуинщики привыкли работать поиском, а не головой. Уверен, что если нет совместимости, то достаточно лишь несколько букв в прошивке поменять.