Мне 5В выводы ещё нужны, а таких контроллеров у TI мало. http://www.ti.com/microcontrollers/msp430-ultra-low-power-mcus/other-msp430-mcus/products.html#p3090=5V%20Tolerant%20I/O Невысокую частоту до нескольких десятков кГц можно по прерыванию GPIO считать, но нагрузка на ядро прилично возрастёт. Всё-таки спокойнее использовать аппаратный счётчик.