У меня обычно KeepOut меньше, чем Mechanical1 - производятлы не любят медь по самому краю платы. Часто места крепления выделены в KeepOut, дабы в них тоже ненужной меди не было. Mechanical1 - просто по порядку важности. Контур есть всегда - потому он в слое 1. А вот courtyard не всегда нужен/важен, потому он у меня в Mechanical15. В Mechanical13 у меня живут корпуса деталюшек. В Mechanical3 иногда кладу размеры платы, координаты крепежных отверстий и тыды.
Не надо делать мне как лучше, оставьте мне как хорошо