Такая схема повышает вероятность пропуска прерывания. Правильный подход впрыгнул в прерывание, выставил флаг и выскочил. В фоне анализируются флаги и выполняются требуемые действия. Но это не абсолют. Разумеется самые критичные к скорости реакции дела можно делать и в прерывании. Адекватные ОСРВ позволяют делать и так и так, но решение какой из вариантов целесообразен в данной задаче опять же за программистом.
Ну и ваще говорить об этом в отрыве от конкретного железа бредуха. С незапамятных времен существуют многоуровневые приоритетные системы прерываний. Для них один подход. Для одноуровневой системы без приоритетов слегка другой.