Тут важно как оплату проводить. Налоговая очень не любит периодические выплаты от ООО к ИП. Надо заключать нормальный договор с ТЗ и с описанием этапов и сроков. На крупном проекте это не проблема, а с мелкими большинство связываться не захочет. Поэтому зачастую реально проще нанять себе программиста в штат.