Известная утилита Pickit3 programmer перешивает PICkit3 и он становится не совместимым с MPLAB (определяется как PICkit3 но НЕ РАБОТАЕТ). В этой же утилите нужно нажать кнопку Tools->Revert to MPLAB Mode и удалить эту утилиту нахер. Ибо Pickit3 programmer перешивает PICkit3 в "PICKit2" и начинает поддерживать только древние PIC-и.