Делал так. Был дополнительный раздел во флеш где можно записать новую прошивку. В uboot при запуске запускал скрипт. Тот провеял есть ли новая версия прошивки и в случае если есть то обновлял. Т.е. использовалось все, что доступно в uboot (работа с файл системой) а переброска актуализации происходила средствами системы (ssh, https, sftp).