Все зависит от конфигурации. Если ethernet то там специалные рамки не IP. Тип рамки для PTP 0x88F7. Для PTP свой стек нужен с фильтрацией по этому типу. И еще зависит от режима : master,slave, boundary transparent? Transparent вообще не должны выходить из PHY в режиме е2е.