У вас какая версия ядра? Мы как раз делали загрузку платы с rootfs на SPI flash, проблем нет , вот что конкретно правил программер
• Внесены изменения в драйвера Linux:
◦ обеспечена совместимость драйвера SPI flash w25q128 c драйвером файловой системы JFFS2
◦ реализован poll mode в драйвере spi-nuc970, это увеличило скорость обменов с SPI flash в 10 раз
◦ исправлена ошибка настройки pinmix в драйвере nuc970_can
• В загрузчик U-Boot добавлен драйвер NUC970 I2C, обеспечено взаимодействие с дисплеем T154A