Распихивание по разным группам не помогало, решил задачу дополнительными пространствами имен. Doxygen просто не мог понять, что от него хотят. Проекты на C++ крупные не встречал, возможно плохо искал. Информацию в основном собираю по кускам или разбираюсь самостоятельно. Вас что-то конкретное интересует?