ИМХО, правильно так (картинка): Ну и ещё сильно подозреваю фатальные ошибки в разводке питания устройства, точнее, разводки интерфейса относительно силовой земли устройства. Покажете чертёж ПП, захватывающий как питание, включая преобразователь/стабилизатор, так и интерфейс, тогда можно будет сказать конкретно.
Может быть что угодно. Иголки может давать сам драйвер из-за помех на процессорной стороне, которые возникают из-за проблем в топологии ПП и/или из-за плохой блокировки (сэкономили на мелких конденсаторах и поставили только микрофарадные).