Потому что так лучше - разные пины одного порта вызывают разные прерывания. Супер. В Кинетисе наоборот, и это очень неудобно, нужно вычитывать и можно потерять - все, как Вы говорите. Вы осетра то урежьте - ну невозможно сделать прерывания по всем пинам всех портов.