Работает - не трогай! Можно же посмотреть с какими ключами компилирует/линкует и сравнить. Скрипт линкёра ещё может разный.
Недавно CCS (Code Composer Studio) v5.5 поломался. Поставил распоследний, 8-й. Правда там и компилятор новее. Сначала казалось, что всё нормально, а после вылезло, что в одном из режимов не работает. А там производительность близко к 100% утилизирована, с новым больше.