Что 1С? ;О) Ничо не понял... Короткое 1мС пусть долбит как можно быстрее. Флаг ему в руки. Только по выходу из него, вместо
pop ...
pop ...
reti
делаем sei и начинаем анализ счоччиков прерываний 10-100-1000мС. Всё. Автоматом получается приоритетность. А если допустить возможность вхождения в 10мС обработчик дважды(наложение), то это может случиться и в "обычной" системе прерываний. Ставьте МК с бОльшими мипсами.