Посчитал немного. Пусть опорный генератор контроллера будет 8 МГц. При разнице с другим контроллером в 100 ррм, имеем отличие частот 800 Гц. Тогда на частоте сэмплирования 8 кГц это будет разница в 0,8 Гц. Т.е. примерно 1 выпадающий отсчет в секунду. Буду пробовать делать без особых ухищрений - если будет нарушение заполнения буфера, то лишний/недостающий отсчет линейно интерполировать.
Ну и VCXO тоже оставлю. Мало ли :-)