Ну что Вы! Как раз в случае спецжелеза такой подход и нужен :) Почти всегда дрова проще обработки.
в 90% случаев разнести дрова и обработку по разным процам мешает только разруха в головах.
Ставим 100Мбит Ethernet или вот этот девайс
http://opalkelly.com/ на связь с целевой платой.
В целевом девайсе - чуть ли не big loop c прерваниями. На хосте - обработка в синтетическом порту ОСи.
Реальное время - решаемая в данном случае задача почти всегда.
На меня тут просветление нашло. Набросал кучку статей, где все это описано. Потихоньку дошлифовываю, чтобы они не только мне были понятны.
Все только начинается :)