Вижу такое решение. Схема должна следить за напряжением на аккумуляторах. Пользовать тот, у которого большее напряжение до тех пор пока напряжения не сравняются, и только потом подрубать вторую.
PS. Если это стартерные на автомобиле, то лучший вариант это выкинуть старую нахер и поставить новую.