Насчёт проблем с загрузкой: у меня на HDD WinXP, больше системных разделов нет. Загрузка W7 штатно c NVMe. Когда на втором HDD установил (точнее восстановил) W7 MBR, с NVMe загружаться перестало. Снёс W7 MBR и пользуюсь загрузочной флешкой под W7 c утилитами, благо скорость чтения c USB 3.0 под 90 Мбайт/с
Т.е. при ситуации "сломалась ОС" можно загрузиться с флешки и восстановить системный диск с его гопотой GPT из копии, хранящейся на HDD.