Желтые значки слева на функциональных блоках означают, что распределение портов ограничило функциональность (ну например банально UART только асинхронный, т.к. вход синхронизации занят), на них можно забить. Окошко не выскакивает, но при нажатии на предупреждение видно, какая именно функциональность ограничена.