Может, не в отладке, а в прошивке? Как тут кто-то с неправильно описанным контроллером боролся. Или как в том же ИАРе так бывает - если неправильно указать прошивальщик, он неправильно заливает прошивку, соответственно потом вообще хрень необъяснимая происходит.