Сначала нужно определиться с количеством перезаписей на всю жизнь разрабатываемого прибора. Соотнести это с количеством перезаписей флеши микроконтроллера и ее организацией (какой минимальный объем информации можно стирать) по даташиту. Пересчитать в какой объем флеши это выльется.
Что то подсказывает, что вам нужна не эмуляция EEPROM, а механизм редкого сохранения настроек во FLASH.