DDS, direct digital synthesis: если имеем дело с 16 битным таймером (100МГц/ 2^-16) * код частоты, про это куча статей есть и на английском и на русском и в вики. Имеем небольшой фазовый джиттер, в зависимости от разрядности оцифровки и доли герца частотной погрешности.