Если самому не собирать образы то в докер можно не вникать. Можно себе представить, что запуск контейнера под докером это запуск виртуальной машины со всеми необходимыми потрохами.
Вот пример компиляции RIOT под докером.
#cd RIOT
#docker pull riot/riotbuild
#docker run --rm -i -t -u $UID -v $(pwd):/data/riotbuild riot/riotbuild
riotbuild@fe49c11e8e26:~$cd examples/default
riotbuild@fe49c11e8e26:~$BOARD=stm32f4discovery make
И все :)
https://github.com/RIOT-OS/RIOT/wiki/Use-Docker-to-build-RIOT