A нет ли такого эффекта, что по какой-либо причине срабатывает
internal short circuit protection (см. даташит), который выключает
всё на ~5мс (страница 5). Очень похоже на твой случай. Дальше soft
start 0.5мс, ток вырастает и опять, и так в цикле. Защита
срабатывает при Vfb < 0.2V. Непонятно где ты измерял. Может там
действительно есть какие-то суб-микросекундные эффекты вызванные
восстановлением диодов и т.п. Переключи на микросекунды и включи
делитель в щупе. Щуп тыкай в R5 сверху, крокодил к R7 снизу. Нет подозрительных пиков?