В насыщение сердечник входит при повторных пусках. Нужно или
пиковый ток ограничивать, или время открытия транзистора, чтобы в
режим непрерывных токов преобразователь не вводить. Мне помогало моделирование. Беру LTSpice, для начла модель трансформатора с индуктивностями рассеяния и сопротивлениями (меряются RLC-метром при закороченных оботках, делается модель, чтобы совпала с измерениями). И смотрю в модели, в деталях, как работают диоды и ключи (звон паразитных ёмкостей на рассеянии обмоток) и как работает обратная связь. Если что-то не устраивает, делаю модель сердечника с насыщением. Это сильно сложнее, моделируется туго, но можно отловить проблему и посмотреть, какие токи текут и какая мощность на сердечнике выделяется из-за насыщения, прикинуть перегрев.