С отладкой некоторые сложности, потому, что имеем два ELF-файла и каждый со своим набором отладочной информации. Если отладчик не позволяет два файла грузить, то потенциально можно всё объединить в один файл с помощью того же линкера, но сходу не скажу как. В gdb можно через add-symbol-file загрузить два файла. Ну либо плюнуть на отладку HAL, он же вроде как должен быть уже отлаженный. gdb можно объяснить чтоб пропускал (исполнял, не шагал внутрь) отдельных функций (команда skip), в данном случае следует пропускать функции HAL.