Во-первых батарейка может пассивироваться и как следствие не сможет
выдать (повысится внутреннее сопротивление) нужный ток сразу. Это
основная причина почему нужен конденсатор. Чтоб ты сам не сбросился
из-за просадки напряжения. Влияет ли ток на химию батареи -- ещё
тот вопрос. Если мы не говорим о каких-то сверхнормативных токах,
то вряд ли. И потерями энергии (а в эфир она никак не
улетучивается) на внутреннем сопротивлении батарейки можно
пренебречь тоже. О конденсаторах: не обязательно же их намертво к батарейке припаивать. Можно подключать по необходимости, плавно (чтоб не сбросилось). Потом работать. И тогда конденсаторы могут быть самые обыкновенные текучие. Резистор дурная идея -- на нём как раз и возникают потери энергии. Тогда уж маломощный импульсный DC/DC с лимитом тока. Самое простое -- добавить один транзистор, для обесточивания лишнего (и конденсаторов в том числе). Транзистор включать строго ШИМом (чтоб плавно). И, возможно, предусмотреть в ПО активацию батарейки -- плавно увеличивать нагрузку, в течении нескольких (десятков) секунд.