Нельзя из-под вин редактировать файлы, которые внутри фс wsl, но,
никто не мешает располагать проект в директориях вин, а не всл Они автомаунтятся в /mnt, емнип.
Могут быть моменты, если при сборке создаются ссылки, но, возможно, получится обойти.
Опять же, не забывайте, что комманды всл можно выполнять прям из-под вин (н-р, wsl make), а не запускать всл, а потом комманду руками