На этот вопрос есть два ответа. Файловые системы с версионированием
(WebDav встроенный в windows, кроме home edition, вроде умеет). Или
инкрементальный бэкап на условно readonly-носитель (хотя бы сервер
или NAS не позволяющий писать ранее созданные файлы).