1 - ну это типо по баловаться. 2 - а это проблема линукса, а не плисы. в этом случае надо "правильно" готовить сам линух. Отлаживать ПЛ без jtag это садомазохизм. Загрузить прошивку можно, а посмотреть чипскопом без jtag никак. Опять же jtag это "отладчик для программ". Другими словами jtag на этапе разработки крайне полезное дело. В эксплуатации jtag не нужен (в большинстве случаев).