Именно с STM32F207 я не работал, но если судить по табличке Table 29. Low-speed external user clock characteristics из datasheet (DS6329) выходит, что типовая емкость входа OSC32_IN
всего 5пФ. Так что даже с учетом емкости монтажа и емкости выводов
кристаллодержателя самого кварца доп. емкости по 3пФ для 12,5пФ
часового кварца это мало. Должно быть 2*1/X=1/12,5пф =>
X=12,5пФ*2 - 5пФ - 1,5пФ=18,5пФ. Так что я бы на вашем месте
попробовал увеличить конденсаторы в обвязке часового кварца до 18пФ.
https://www.st.com/resource/en/datasheet/stm32f205rb.pdf