Evgeny_CD, Архитектор (24.07.2021 00:22, просмотров: 14183)-
- В книге "Рождение сложности" Александр Марков написал, что
вариантов белка - факториал от количества аминокислот на количество
звеньев и превышает количество атомов во вселенной, это и есть основная причина по которой господь запустил эволюцию.
Так что пугаться не стоит. - General(24.07.2021 20:59)
- Это вопрос о так называемой "дурной бесконечности". Обычно ею
увлекаются, рассчитывая число возможных позиций в шахматах. Того же
рода инсинуации, когда начинают считать, как скоро 99 обезьян
напечатают без ошибок роман Толстого "Война и мир", стремясь
доказать, что жизнь на Земле сама возникнуть не могла, а ее создал
Бог. Тогда как эволюция вовсе не занимается тотальным перебором
всех вариантов, а использует приём вроде олимпийской системы -
турниры с выбыванием. Этот Kceния(198 знак., 26.07.2021 21:35 - 22:06)
- Именно так. Поскольку господь занят, он заставил живому самому найти искомый белок. - General(26.07.2021 21:56)
- А откуда сведения, что отбор идет именно по двоичному дереву? - rezident(26.07.2021 21:55)
- Любую точечную мутацию можно рассматривать как развилку на пути -
появление двух ветвей, каждая из которых в дальнейшем тоже способна
раздваиваться. Тем не менее, от бесконечного размножения числа
вариантов удерживает "обрубка" ветвей из-за того, что ресурсы
размножения реальных особей ограничены. Из-за этого концы веток
вступают друг с другом в конкуренцию - где-то в явную (кто-то
кому-то проиграл в бою), а где-то неявную (выдавили из высшей лиги
живых в лигу Kceния(656 знак., 26.07.2021 22:58, картинка, картинка)
- Важное здесь то, что отбор осуществляется по множеству критериев. Человечество к примеру создало чудовищно сложный механизм социального отбора - моральные принципы, навязанные критерии привлекательности, средства предохранения, касты -все эти препятствия для необузданного соития не что иное, как фильтры эволюции. - General(27.07.2021 11:20)
- Любую точечную мутацию можно рассматривать как развилку на пути -
появление двух ветвей, каждая из которых в дальнейшем тоже способна
раздваиваться. Тем не менее, от бесконечного размножения числа
вариантов удерживает "обрубка" ветвей из-за того, что ресурсы
размножения реальных особей ограничены. Из-за этого концы веток
вступают друг с другом в конкуренцию - где-то в явную (кто-то
кому-то проиграл в бою), а где-то неявную (выдавили из высшей лиги
живых в лигу Kceния(656 знак., 26.07.2021 22:58, картинка, картинка)
- а так же вариантов с функцией рнк и днк. но эволюция выбрала то что
выбрала, хотя на взгляд математиков выбраны далеко не лучше
варианты почему-то - LordN(26.07.2021 19:09)
- Метод Монте-Карло не всегда даёт лучшие результаты. Но эволюция-то
продолжается. Что скажут математики ещё через пару миллиардов лет? - argus98(26.07.2021 21:37)
- Это верно, но метод Монте-Карло и не может быть взят эволюцией на
вооружение, поскольку случайные варианты в большинстве случаев
оказывались бы нежизнеспособыми, тогда как необходимо, чтобы
скорость размножения превышала смертность. Поэтому эволюция
работает методом "пошаговой оптимизации", делая множество шагов
одновременно (тестируя варианты на разных особях). При этом
частенько застревая с точках локальных оптимумов (фактически это и
есть отдельные виды живых существ). И Kceния(332 знак., 26.07.2021 22:06)
- я думаю все несколько иначе, т.к. в жизни работает правило: кто первый встал - того и тапки. LordN(322 знак., 27.07.2021 12:14)
- О,
господи, Ксения, ну давайте попроще. Пусть это будет "Метод Монте-Карло с отстрелом". Ну или там ".. с обрезанием" - argus98(26.07.2021 23:01)- Да нет же! Монте-Карло это когда тестируемые варианты выбираются
случайно из всего множества возможных, делая большие скачки. Тогда
как эволюция идет шагом, тестируя варианты, находящиеся в шаговой
доступности от тех, которые уже доказали свою жизнеспособность. К
этой же тактике подталкивают мутации, которые тоже можно
рассматривать, как малые шаги от того, что было. С помощью мутаций
большого шага сразу не сделать. Разумным анализом порой можно
предположить, где Kceния(590 знак., 26.07.2021 23:31)
- хе, как раз сейчас слушал, начинал, лекцию маркова про ничтожность
вероятностей и почему они всё-таки работают в биологии. - LordN(27.07.2021 12:16)
- того самого, с цепями? - Kpoк(27.07.2021 12:42)
- Ну не так уж и ничтожно - =AlexD=(27.07.2021 10:41, youtube)
- хе, как раз сейчас слушал, начинал, лекцию маркова про ничтожность
вероятностей и почему они всё-таки работают в биологии. - LordN(27.07.2021 12:16)
- Да нет же! Монте-Карло это когда тестируемые варианты выбираются
случайно из всего множества возможных, делая большие скачки. Тогда
как эволюция идет шагом, тестируя варианты, находящиеся в шаговой
доступности от тех, которые уже доказали свою жизнеспособность. К
этой же тактике подталкивают мутации, которые тоже можно
рассматривать, как малые шаги от того, что было. С помощью мутаций
большого шага сразу не сделать. Разумным анализом порой можно
предположить, где Kceния(590 знак., 26.07.2021 23:31)
- Это верно, но метод Монте-Карло и не может быть взят эволюцией на
вооружение, поскольку случайные варианты в большинстве случаев
оказывались бы нежизнеспособыми, тогда как необходимо, чтобы
скорость размножения превышала смертность. Поэтому эволюция
работает методом "пошаговой оптимизации", делая множество шагов
одновременно (тестируя варианты на разных особях). При этом
частенько застревая с точках локальных оптимумов (фактически это и
есть отдельные виды живых существ). И Kceния(332 знак., 26.07.2021 22:06)
- Метод Монте-Карло не всегда даёт лучшие результаты. Но эволюция-то
продолжается. Что скажут математики ещё через пару миллиардов лет? - argus98(26.07.2021 21:37)
- Это вопрос о так называемой "дурной бесконечности". Обычно ею
увлекаются, рассчитывая число возможных позиций в шахматах. Того же
рода инсинуации, когда начинают считать, как скоро 99 обезьян
напечатают без ошибок роман Толстого "Война и мир", стремясь
доказать, что жизнь на Земле сама возникнуть не могла, а ее создал
Бог. Тогда как эволюция вовсе не занимается тотальным перебором
всех вариантов, а использует приём вроде олимпийской системы -
турниры с выбыванием. Этот Kceния(198 знак., 26.07.2021 21:35 - 22:06)
- Это информация была мне известна раньше. К сожалению
предсказательная сила математических методов не превышает 70%, а с
увеличением размера белка еще сильнее падает. Поэтому, если для
науки так уж важна пространственная конформация какого-то белка, то
ее не вычисляют, а измеряют рентгеноструктурным методом или на
худой случай методом двумерного ЯМР. К настоящему времени число
белков, у которых уставлена пространственная структура, быстро
растет. А у того генбанка, к Kceния(1395 знак., 24.07.2021 20:47)
- А при 128G вся база в память влезет? - Evgeny_CD(25.07.2021 04:03)
- Да, возможно, что и 64 GB хватило бы, но моя мамка больше, чем 32
GB не принимает. Вероятно для этих целей нужна серверная плата. - Kceния(25.07.2021 04:30)
- В сети видел видео в котором говорят что модерну
разработали/смоделировали за два дня. - misyachniy(26.07.2021 11:10)
- Мой сосед говорит, что за ночь 5 раз смоделировал :-) - SciFi(26.07.2021 22:15)
- Я слышал у фарм компаний есть деньги на суперкомпьютеры. Врут поди? - misyachniy(27.07.2021 08:23)
- Сейчас биг фарма работает в кооперации с биг датой, условных "фармацевтов" финансируют условные "цифровики". В частности Google финансировала исследования коронавирусов из которых пандемия возникла. - rezident(27.07.2021 09:02, ссылка)
- Деньги есть, но они их тратят на блядей - Kpoк(27.07.2021 08:25)
- Я слышал у фарм компаний есть деньги на суперкомпьютеры. Врут поди? - misyachniy(27.07.2021 08:23)
- Мой сосед говорит, что за ночь 5 раз смоделировал :-) - SciFi(26.07.2021 22:15)
- Ксения, можно на али купить сборку на б/у xeon, с памятью 64Гб.
Вполне за разумные деньги. При желании можно докупить память и
увеличить до 256Гб - Ruslan(26.07.2021 11:06)
- Если бы сильно приспичило, то вероятно я этим путем бы пошла. Но я
не стала этим заморачиваться, а просто сократила размер исходных
данных, создав из нее выборку. А 50%ная выборка для большинства
целей достаточно представительна. Кроме того, в данном случае время
счета растет пропорционально кубу числа объектов, из-за чего полная
задача считалась бы полторы недели, а не сутки с хвостиком, как
сейчас. - Kceния(26.07.2021 21:50)
- Еще и от гравитации зависит. На Луне такая задача за пол дня обсчитывается. - misyachniy(27.07.2021 11:05)
- Если бы сильно приспичило, то вероятно я этим путем бы пошла. Но я
не стала этим заморачиваться, а просто сократила размер исходных
данных, создав из нее выборку. А 50%ная выборка для большинства
целей достаточно представительна. Кроме того, в данном случае время
счета растет пропорционально кубу числа объектов, из-за чего полная
задача считалась бы полторы недели, а не сутки с хвостиком, как
сейчас. - Kceния(26.07.2021 21:50)
- В сети видел видео в котором говорят что модерну
разработали/смоделировали за два дня. - misyachniy(26.07.2021 11:10)
- Да, возможно, что и 64 GB хватило бы, но моя мамка больше, чем 32
GB не принимает. Вероятно для этих целей нужна серверная плата. - Kceния(25.07.2021 04:30)
- А при 128G вся база в память влезет? - Evgeny_CD(25.07.2021 04:03)
- "а потом уже роботы придумывали новых роботов, и люди уже не
понимали как те работают" - POV_(24.07.2021 12:01,
) - Кстати, математику для описания свертывания длинных макромолекул
(белки, спираль ДНК, РНК и т.п.) вновь наши люди придумали. Правда вначале вся эта математика была чистой теорией и
только через несколько лет (уже не наши) догадались, что она хорошо
подходит для моделирования пространственной свертки ДНК. Тогда уже
наши конкретно для этого применения стали копать. Илюхин
А.А.Тимошенко Д.В. - rezident(24.07.2021 10:55, ссылка, ссылка)
- Вообще-то замкнутость и свертывание - разные вещи. Это только у
[бессмертных] бактерий/простейших ДНК закольцована, а уже у
многоклеточных она разомкнута. Конечно и разомкнутая/нециклическая
ДНК тоже может быть как-то причудливо свернута в пространстве, но
для будущей репликации это вредно (запутанный клубок распутать
бывает трудно). Поэтому у ДНК многоклеточных организмов обычно
бывает белковая оболочка, которая старается ее выпрямить, насколько
это возможно. Оно даже в Kceния(70 знак., 24.07.2021 19:46)
- Что значит "разомкнутая/нециклическая ДНК тоже может быть как-то причудливо
свернута в пространстве". Она не просто "может быть", а реально свернута. Сколько там
длина полностью развернутой ДНК, под 2 метра вроде? Интересно, как
без сворачивания вы такую длинную молекулу ДНК помещаете в
хромосому длиной порядка нескольких мкм? Метры в микрометры не
поместятся, если они только в виде спирали и без дополнительных
сверток. - rezident(24.07.2021 22:21)
- Конечно, свернута, но колечками (это чтобы петли для перезаписи на
РНК отдельных генов было легче из нее вытягивать). Но про
замкнутость тут и речи быть не может, отчего я и вмешалась, т.к.
процитированная вами статья имела название "Достаточные условия замкнутости молекул ДНК". Kceния(1 знак., 24.07.2021 23:17, картинка)
- Мое дилетанское ИМХО говорит, что "замкнутость" в статье не
означает "замкнутое в кольцо". Замыкание в виде "перемычек"
необходимо, чтобы уложить длинную макромолекулу в гораздо меньший
объем так, чтобы во-первых, она туда (в выделенный объем)
поместилась и, во-вторых, чтобы она при замыкании не "запуталась",
превратившись в совсем другую макромолекулу. Что на вашей картинке
означает точка 2? - rezident(25.07.2021 00:01)
- Это у хромосомы клоака :). Шучу. Картинку из Википедии взяла, из статьи "Хромосома". => - Kceния(25.07.2021 00:06, ссылка)
- Мое дилетанское ИМХО говорит, что "замкнутость" в статье не
означает "замкнутое в кольцо". Замыкание в виде "перемычек"
необходимо, чтобы уложить длинную макромолекулу в гораздо меньший
объем так, чтобы во-первых, она туда (в выделенный объем)
поместилась и, во-вторых, чтобы она при замыкании не "запуталась",
превратившись в совсем другую макромолекулу. Что на вашей картинке
означает точка 2? - rezident(25.07.2021 00:01)
- Конечно, свернута, но колечками (это чтобы петли для перезаписи на
РНК отдельных генов было легче из нее вытягивать). Но про
замкнутость тут и речи быть не может, отчего я и вмешалась, т.к.
процитированная вами статья имела название "Достаточные условия замкнутости молекул ДНК". Kceния(1 знак., 24.07.2021 23:17, картинка)
- Что значит "разомкнутая/нециклическая ДНК тоже может быть как-то причудливо
свернута в пространстве". Она не просто "может быть", а реально свернута. Сколько там
длина полностью развернутой ДНК, под 2 метра вроде? Интересно, как
без сворачивания вы такую длинную молекулу ДНК помещаете в
хромосому длиной порядка нескольких мкм? Метры в микрометры не
поместятся, если они только в виде спирали и без дополнительных
сверток. - rezident(24.07.2021 22:21)
- Таганрогский педагогический институт? Молекулы? Уже забавно. Вот
где гениальные гении засели :-) SciFi(263 знак., 24.07.2021 11:19)
- Это первое, что нагуглилось. Я к сожалению не запомнил имен авторов
:( Про них рассказывали по-моему на канале у Гоблина. А может у
Джангирова. Запомнился только сам факт, что вначале возникла
математика теоретической модели и только через 8-10 лет ей нашлось
применение именно в области пространственной свертки длинных
молекул ДНК. - rezident(24.07.2021 13:11)
- Ясно-понятно. Говорящая голова в ютубе рассказала, что наши люди
как-то мимиходом прислонились к великому. Ну или так показалось.
Это было бы смешно, если бы не было так грустно. - SciFi(24.07.2021 13:18)
- Шо поделать, я всегда признаю, что имена и даты запоминаю плохо. Цифры и факты - на порядок лучше. - rezident(24.07.2021 13:25)
- Ясно-понятно. Говорящая голова в ютубе рассказала, что наши люди
как-то мимиходом прислонились к великому. Ну или так показалось.
Это было бы смешно, если бы не было так грустно. - SciFi(24.07.2021 13:18)
- Если Таганрог, то ничего хорошего? Не знаю, как там пед, а
радиотехнический очень даже. Меня в июне занесло в этот город. Один
риэлтор местный нахваливал, он этот институт закончил, хочет, чтобы
и сын туда поступил. Я потом погуглил, он не врал. - Бapбoc(24.07.2021 11:52)
- Чёт торкнуло. Радиотехнический и риэлтор. Бapбoc(293 знак., 24.07.2021 16:32)
- +1. Таганрогский радиотехнический большие молодцы. - Evgeny_CD(24.07.2021 13:46)
- ТРТИ давно история. Ноне - подразделение ЮФУ. И уже совсем не торт.
Или есть данные о теперешних достижениях? - Harry(24.07.2021 21:11)
- А-100, например. Но подробности надо спрашивать у создателей, я не из их числа - Evgeny_CD(26.07.2021 20:21)
- А чё не торт? Бapбoc(274 знак., 24.07.2021 21:27)
- Разваливается все. Студентов все меньше. Хренова туча
специальностей, не имеющих отношения к радиотехнике. - Harry(24.07.2021 21:57)
- Сука, блядь. Подумал Ржевский и грязно выругался. - Бapбoc(24.07.2021 22:24)
- Разваливается все. Студентов все меньше. Хренова туча
специальностей, не имеющих отношения к радиотехнике. - Harry(24.07.2021 21:57)
- ТРТИ давно история. Ноне - подразделение ЮФУ. И уже совсем не торт.
Или есть данные о теперешних достижениях? - Harry(24.07.2021 21:11)
- Бартини ещё. Тоже гуглится - Kpoк(24.07.2021 13:32)
- АНТК им. Бериева - Evgeny_CD(24.07.2021 13:53, ссылка)
- Это первое, что нагуглилось. Я к сожалению не запомнил имен авторов
:( Про них рассказывали по-моему на канале у Гоблина. А может у
Джангирова. Запомнился только сам факт, что вначале возникла
математика теоретической модели и только через 8-10 лет ей нашлось
применение именно в области пространственной свертки длинных
молекул ДНК. - rezident(24.07.2021 13:11)
- Вообще-то замкнутость и свертывание - разные вещи. Это только у
[бессмертных] бактерий/простейших ДНК закольцована, а уже у
многоклеточных она разомкнута. Конечно и разомкнутая/нециклическая
ДНК тоже может быть как-то причудливо свернута в пространстве, но
для будущей репликации это вредно (запутанный клубок распутать
бывает трудно). Поэтому у ДНК многоклеточных организмов обычно
бывает белковая оболочка, которая старается ее выпрямить, насколько
это возможно. Оно даже в Kceния(70 знак., 24.07.2021 19:46)
- В книге "Рождение сложности" Александр Марков написал, что
вариантов белка - факториал от количества аминокислот на количество
звеньев и превышает количество атомов во вселенной, это и есть основная причина по которой господь запустил эволюцию.
Так что пугаться не стоит. - General(24.07.2021 20:59)
