Используйте два сектора. Один всегда стерт, во второй пишете по 4
байта последовательно. Как сектор закончился - меняете их местами.
Простейший вариант: пишем один-единственный счетчик, предполагаем,
что он никогда не переполнится (если 32 бита мало - возьмите 64). 1) При старте сканируем оба сектора, находим в котором из них максимальное значение счетчика, не равное 0xFFFFFFFF. Это наше значение счетчика, текущее смещение и сектор, другой сектор стираем если он не стерт уже.
2) Если нужно записать новое значение - проверяем, не закончился ли текущий сектор. Если нет - пишем в текущий сектор в следующую ячейку. Если да - переходим на начало другого сектора, пишем новое значение, старый сектор стираем.