+1 Только хочу сказать, что в первых 50 страницах файла dm00154093-description-of-stm32f1-hal-and-low-layer-drivers-stmicroelectronics.pdf расписано много про струткуру проекта и есть ответы (частичные) на ваши вопросы.
Но я, хоть и имею уже 4 проекта с моим участием на СТМках везде дописывал или отлаживал кусок в уже существующем проекте - поэтому ничего сказать пока не могу.