а-а-а-а да было такое очень давно, уже не вспомню подробностей, но
дело было в самой версии вот этой атмеловской самбы которая
прошивает атмеловский контроллер... да... мучался но прошил короче надо перемычки на самой плате поставить так чтобы атмеловский контроллер перешел в режим прошивки по USB, называется DFU
и у атмела есть отдельный драйвер под винду который видит этот USB-DFU и он становится виден в винде как компорт.
а самбу эту надо брать самую свежую. тогда прошьется.
но прога J-Link-а самого тоже не дура, и определяет подделки по своим хитрым признакам и сотрет обратно прошивку. поэтому прогу надо тоже брать не позднее какой-то версии...