caxapa.ru :: Матрица и так храниться в "упакованном виде" (packed format), чтобы не расходовать память на хранение ее симметричной (относительно главной диагонали) половины. Экономия памяти при этом очень значительная, но скорость операций с такой матрицей заметно ниже.

Kceния (18.07.2022 13:00, просмотров: 181) ответил LightElf на Подозреваю, что при таких размерах матрицы стоит подумать о оптимальном её представлении в памяти. Всякие там тайловые размещения или ещё как - от алгоритмов зависит.

Матрица и так храниться в "упакованном виде" (packed format), чтобы не расходовать память на хранение ее симметричной (относительно главной диагонали) половины. Экономия памяти при этом очень значительная, но скорость операций с такой матрицей заметно ниже.

Ответить

- Я имею в виду, что возможно в вашем случае есть смысл рассмотреть разные варианты раскладывания матрицы в памяти, чтобы повысить кэш-локальность. Типа memory tiling в графике. LightElf(1 знак., 18.07.2022 15:23, ссылка)
  - Я вынуждена пользоваться "заводским" софтом (Intel Math Kernel Library), т.к. мне самой такую процедуру не написать. А потому должна держать матрицу в рекомендуемом там формате. К тому же матрица и так уже максимально плотная - число ячеек равно числу пар белков N²/2, а потому, как ее не тасуй, меньше ячеек у нее не станет. - Kceния(19.07.2022 17:58)
    - Вопрос не в "сделать меньше", а в том, что у современных компов память нифига не random-access и при больших объемах данных это надо учитывать. Но конечно, если используете чужую либу - то тут придется под чужую дудку плясать. - LightElf(19.07.2022 18:47)

Средства и методы разработки