В схеме у вас обязаны быть все цепи уже. Для меня нет никакой проблемы клонировать один оттрассированный блок в другой ещё не оттрассированный, нужно осмысленно пользоваться двумя инструментами - Selection Mask и Reconnect Nets.
Если же мы говорим о панелизации то это правильно делать в прогах подготовки к производству, например CAM350.