Файловая структура - она самостоятельная сущность и от размера
раздела, куда её записали, наличие/отсутствие ошибок не зависит.
Ошибок не будет, если раздел будет больше или равен размеру ФС. При подготовке ФС ужимаем по фактически используемому объему внутри ФС, создаем образ минимального размера.
В процессе "первого включения" можно расширить раздел на всё устройство, а затем всю ФС на раздел.
Отдельно обращу внимание, что du не показывает, какое максимальное смещение имеют данные внутри ФС,
поэтому предполагаю, что упомянутое значение писать в MBR не вполне корректно.
Если это linux + extX - полезным будет "resize2fs -M" и "tune2fs -l /dev/DEVICE |grep Block count"