Для генерации проекта пользуюсь CubeMX. Потом вся отладка в Кейле.
В принципе ничто не мешает ковыряться в регистрах. Лично мне
интересно изначально было - как Куб настраивает тактирование и
периферию. И сам там правлю иногда после него. Потом в Кейле
интересно наблюдать за работой. И регистрами в том числе.