Уточнения: дискретность ШИМ, средний ток дросселя и ёмкость на
выходе, метод измерения и фильтрации. Предположение: Посмотри, как душат в типовых схемах 431-ю. ЕМНИП - 0,1 и более мкФ на несколько кОм, что даёт несколько сотен Герц против десятков+ кГц частоты коммутации. Т.е. или меряй реже или пропусти результаты измерений через скользящее среднее или простейший БИХ.