Микроконтроллеры

это не объяснение. Линкер должен строить дерево вызовов, а обработчик прерывания такая же функция. Или я чего-то не понял? Сначала вы говорите, что из библиотечных файлов должны линковаться только используемые функции. А теперь - что в gcc так не сделано специально из-за каких-то непонятных прерываний...