Достаточно флаги вывешивать, когда обработка в прерывании
закончена. И биг луп по флагам отработает дальше. Пусть крутится,
пока не готово. А как будет готово - зайдёт в соответствующую ветвь
кода. У меня в биглупе, в фоне, работает приборка, управление
верхним уровнем SPI FLASH. Цепочка действий запускается командой из
биг лупа, из биг лупа же контролируются этапы конечного автомата
FLASH. При этом, работа с SPI - на прерываниях и с DMA. По
окончании вывешивает флаги или продвигает конечный автомат флеши.