Попробуйте сначала максимальную частоту выборки, которую потянут
ваши АЦП и ЦП с экспоненциальным фильтром. Выбирайте для дальнейшей
обработки после экспоненциального фильтра с той же частотой, что и
раньше - получится прореживание. Лично я опасаюсь медианного
фильтра - он может сделать сигнал ступенчатым и мешать работать с
производными сигнала. Если будете выбирать по 1024 отсчёта на один выходной отсчёт, то, возможно, медианного фильтра не понадобится. Но если потом с производными не работаете, то может и не помешает.