А можно вопрос: какие именно цепи у вас закоротились? Сигнальные
или питание какое-нибудь? Я конечно еще тот трассировщик (это никогда не было моим любимым делом, все остальное - замысел, схема, конструктив, BOM и пр.дока для сборки платы, кроме трассировки - нормально), но когда я трассирую, постоянно сверяясь со схемой и держа в уме функционал трассируемого блока, то не заметить на плате лишнюю связь как-то маловероятно КМК. Если, конечно это не какой-то отдельный вывод, самостоятельно подключившийся к полигону/заливке.