Ок, оставим хост в покое - он нужен по любому, и x86 - хороший выбор для хоста. Я читал статьи по построение автоматов для бинарных деревьев на FPGA. Оно быстро, но все уприрается в пропускную способность внешней памяти. В обсчем, 4-х канальный DDR3 контролер 100 ядерного чипа просто так не заменить.