Там ж написано что чистого пути решения нет. А вот предлагаемый ими второй "Possible workarounds for Capture functionality" тебе может подойти, если есть уверенность что периоды твоих сигналов не кратны периоду таймера, ну а если они меньше то э тот способ 100% рабочий. А если использовать максимальный коэффициент пересчёта - 2^32, то вероятность того что новое время захвата в одном канале будет такое-же как и предыдущее - очень низка (хочется сказать 1/(2^32), но всё же от сигнала зависит). Ну а если её умножить на вероятность того что при этом ещё и прерывание потеряется то шансы вполне нормальные, если ты конечно не ядерным реактором управляешь. :)