Теритически много чего можно наконфигурить. если на импульсы реагирует сам таймер и лишь потом решает, в какой счетчик его добавлять.
Тут на импульсы реагирует вход, при изменении состояния создаёт событие, которое может быть подключено ко много чему кроме таймеров (ДМА, АЦП, ДАЦ).
Но если счетчики друг от друга независимы, то их правильнее было бы считать самостоятельными таймерами, а не каналами одного.
Так и есть - они таймеры и есть . :)
Если их друг с другом не связывать и на одинаковые каналы не заводить, то они - независимые, иначе - наоборот.