Входами автомата могут быть: собсно дискретные входы, события, таймеры. Что приоритетнее выбирается по условиям задачи. Никакой гонки сигналов тут нет. У нас есть аварийные входы, они идут в первую очередь, очень важные события тоже в первую очередь. Ну а таймеры уже по условиям задачи.
Я как-то задавал вопрос, можно ли сделать, чтобы аварийные входы всегда были на контроле в первую очередь. У меня это получилось. Притом я сделал так: сделал еще один битовый массив, где собирались в кучу аварийные входы, моменты, например выход внутреннего компаратора. Этот массив всегда проверяется в первую очередь перед автоматом. Затем проверяется очередь событий, табличный интерпретатор, в состояниях автомата уже проверяются таймеры.
В чем ваши затруднения не могу понять. Либо вы что-то в кучу мешаете, либо ваши затруднения в другом, но не можете пока сформулировать, определиться.