Это не только у STM32F, но и у большинства МК. Время преобразования АЦП у всех у них мало, а потому преобразование запускается периодически. И под "частотой АЦП" обычно подразумевается не время самого преобразования, а именно периодичность стартов/опроса. Особенно тогда, когда запуск АЦП связан с таймером. Поэтому частота опросов на точность измерения влияния не оказывает. Другое дело - сигма-дельта АЦП, у которых время преобразования длинное и обычно равно периодичности стартов.