У вас ошибочка в самом начале. Читайте мануал: The timer clock frequencies are automatically set by hardware. There are two cases:
1. If the APB prescaler is 1, the timer clock frequencies are set to the same frequency as
that of the APB domain to which the timers are connected.
2. Otherwise, they are set to twice (×2) the frequency of the APB domain to which the
timers are connected
Так что получается 84 МГц (f
APB1=42МГц,f
TIM6=2*f
APB1). И в даташите приведена та же цифра. AHB там вообще ни при чём. Вот если таймер сидит на APB2, там возможны 168 МГц.